Afin de s'assurer de la bonne allocation des fonds publics, la programmation du Fonds social européen fait l'objet d'un suivi rigoureux. Ainsi, chaque année l'Autorité de gestion transmet à la Commission européenne un Rapport d'activité relatif à l'état d'avancement du programme.

Afin de s'assurer de la bonne allocation des fonds publics, et de mesurer l'impact du Fonds social européen en Belgique francophone, plusieurs évaluations ont été menées.